No século XIII e XIV a universidade passa por momentos de transição devido às modificações do próprio estado, mais tarde o movimento renascentista vai proporcionar a transição do período Medieval para o Humanismo durante o século XIX. De fato, a criação de espaços destinados a Ciência como museus, observatórios e laboratórios vão influenciar o florescimento científico, assim como a passagem da Universidade ao estado laico, sendo subsidiada por recursos financeiros do estado (MENENGHEL, 2001). Vale destacar a forte influência do projeto iluminista de Wilhelm Von Humboldt (ARAÚJO, 2008) na organização oficial da universidade moderna. Segundo Pimenta e Anastasiou (2008) esse modelo alemão Humboldtiano traz para a universidade, por meio da Ciência e da pesquisa, a busca pela resolução dos problemas unindo professores e alunos em espaços definidos como os institutos e centros de pesquisa que tinham como meta a formação profissionalizante. (Dissertação de mestrado/ UEA/ Waldileia do S. Cardoso Pereira)